Sekolah ini telah ditubuhkan pada tahun 1914 atas galakan dan usaha Pegawai Daerah yang bernama T. S. Adam. Pada awal penubuhan, sekolah ini menumpang di Pejabat Daerah dan mempunyai 15 orang murid dan 2 orang guru.

Pada tahun 1922, sebuah bangunan baru yang berdinding buluh dan beratap daun rumbia telah dibina. Bangunan ini terletak berhampiran mahkamah sekarang. Malangnya bangunan ini telah dijilat api dalam tahun 1942. Bagi menggantikan bangunan yang terbakar, sebuah bangunan baru telah dibina. Bangunan ini terletak di tapak Sekolah Rendah Kebangsaan Sultan Yahya Putra sekarang.

Bagi mengelakkan banjir, bangunan ini telah dipindahkan ke tempat yang lebih tinggi dan dibina di atas tapak bangunan Kelantan Planters Association. Bangunan ini masih  lagi diperbuat daripada buluh dan beratap daun rumbia.

Pada akhir tahun 30-an, seklai lagi bangunan ini mengalami perubahan. Kali ini bangunan yang diperbuat daripada kayu telah dibina. Kayu merbau dan cengal yang terdapat di hutan berhampiran telah digunakan. Bangunan ini telah beberapa kali dibaiki terutama atap, dinding dan lantai.

Pada tahun 1965 sebuah bangunan baru dua tingkat telah dibina. Bangunan ini telah dibuka dengan rasminya oleh Yang Berhormat Encik Mohd Khir Johari, Menteri Pelajaran pada masa itu. Sekolah Kebangsaan Kuala Krai telah menyambut Perayaan Jubli Intan pada tahun 1974 dan dirasmikan oleh Yang Mulia Tengku Sriwaja Raja.

Pada tahun 2001, projek pembinaan dua blok bangunan baru empat tingkat dimulakan, iaitu berhampiran dengan bangunan kayu yang dibina pada akhir tahun 1930-an. Kedua-dua bangunan ini telah mula digunakan pada sesi pertama persekolahan 2002 iaitu pada 06 Januari 2002.

Pada  tahun 2003, Sekolah Kebangsaan Kuala Krai amat bernasib baik kerana telah terpilih untuk dibina sebuah makmal komputer walaupun tidak mempunyai kawasan yang mencukupi. Bangunan yang dibina bersebelahan dengan kantin sekolah ini telah siap sepenuhnya pada Januari 2004 dan telah dilengkapi dengan pelbagai kemudahan komputer.

Pada tahun 2005, sebuah lagi kelas Pra Sekolah telah dibuka memandangkan permintaan bagi    memasuki    kelas  Pra Sekolah   melebihi  50  orang. Ianya  mula  beroperasi  pada 2 Januari 2005 dan kedudukannya adalah bersebelahan dengan kelas Pra Sekolah yang sedia ada.